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在醫學論文寫作過程，通常為了論證文章觀點，突出文章的科學性、真實性和可靠性，從而需要參考或借鑒某些相關的文獻資料。特別是在醫學論文的引言、材料與方法、結果、討論等部分，大多都需要引用到參考文獻資料。
一、在引言部分，由于需要多少背景信息往往取決于讀者，所以一般只需簡單介紹及引用參考文獻，而不是進行綜述。這部分對于參考文獻的引用，只引用最相關、最近、最重要、一流的、盡可能接近第一手的文獻。適當的情況下，可以考慮引用評述文章。
二、在材料與方法部分，為了證實研究中使用的材料或方法真實、可靠，具有科學性，通常需要引用第一手文獻資料，包括發表在高影響力期刊上的方法，而不是對那些材料與方法進行細節上的詳述。
三、雖然引用參考文獻的陳述通常是在討論部分，而不是在結果部分，比如與前人研究的對比，但如果一個簡單的對比不適合在討論中出現，那么也可以寫在結果中，這時在結果部分就需要引用到參考文獻了。
四、在文章中，雖然研究結果是主要話題，但需要在一個廣泛的范圍內來進行討論結果，這就意味著需要引用相關文獻資料來對比研究結果，以及參考其他研究對結果進行解釋，或借用其他文章來說明結果的重要性等。
